《雲水謠》講述了19世紀40年代的臺灣,王家千金王碧雲從教堂逃婚出來,坐上了勤工儉學的醫學院窮學生陳秋水的黃包車。一段意外的邂逅,讓兩人從互生暗戀到心心相印。然而陳秋水為躲避迫害從臺灣來到大陸,自此兩個相愛的人被分隔兩岸,唯有堅守彼此的誓言思念對方。陳秋水在大陸以行醫為生,無論在戰地醫院還是復員後在閩西農村,都不忘給碧雲寫信,一封封遙寄思念之情的信石沉大海;碧雲在臺灣以兒媳身份擔負起照顧婆母和帶大兩人女兒陳瑞的重任艱難度日。時間到了80年代,王碧雲帶著女兒踏上了尋找陳秋水的路途。在閩西的醫院裡,終於見到了在外出診遭遇泥石流而重傷的陳秋水,昏迷中的陳秋水嘴裡一直喃喃著“碧雲”,碧雲緊握著陳秋水的手,當陳秋水睜開雙眼時,恍惚中看到了碧雲年輕時候的模樣。